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O DIFAL pode ser recolhdio através de uma GNRE
Toda vida que você emitir uma NF-e, você deve entrar no site do estado de destino e gerar uma guia GNRE para o DIFAL e outra para o FCP, caso haja. Depois você precisa efetuar o pagamento e anexar uma cópia ao DANFE antes de despachar a mercadoria.
Este é o pior método, pois você terá que fazer isso para cada NF-e emitida. Sem contar que você já está pagando o imposto antes mesmo da mercadoria sair da sua empresa.
Através da inscrição estadual de substituto tributário
A maior parte dos estados permite que sua empresa tenha uma inscrição estadual especial, na qual a burocracia para adquirí-la é bem reduzida – é a inscrição estadual de substituto tributário.
Com esta inscrição você não precisa se preocupar em emitir as GNREs para cada NF-e. No final do mês o seu contador pode entrar no site da UF de destino e fazer a apuração de quanto você precisa pagar. Além de ser mais simples, você ganha um prazo para pagar.
Este é o método que dá mais trabalho no começo, mais ao longo do tempo é muito vantajoso.