O artigo citado trata apenas da situação na qual o estabelecimento destinatário assume o encargo de retirar e transportar a mercadoria, neste caso a NF de Entrada emitida deve acompanhar o transito das mercadorias.
§ 1º - O documento previsto neste artigo servirá para acompanhar o trânsito da mercadoria até o local do estabelecimento emitente nas seguintes hipóteses:
1 - quando o estabelecimento destinatário assumir o encargo de retirá-la ou de transportá-la nas situações previstas na alínea "a" do inciso I;
Como sua empresa está assumindo tal encargo, em meu entendimento você pode fazer uma declaração no verso da 1ª via da NF justificando os motivos da devolução, no caso de não ter aceito a mercadoria, há esta previsão no parágrafo único do art. 453 do RICMS/00:
Artigo 453 - O estabelecimento que receber, em retorno, mercadoria por qualquer motivo não entregue ao destinatário, deverá (Lei 6.374/89, art. 67, § 1º, e Convênio de 15-12-70 - SINIEF, art. 54, § 3°, na redação do Ajuste SINIEF-3/94, cláusula primeira, XII);
I - emitir Nota Fiscal pela entrada da mercadoria no estabelecimento, com menção dos dados identificativos do documento fiscal original, registrando-a no livro Registro de Entradas, e consignando os respectivos valores na coluna "ICMS - Valores Fiscais - Operações ou Prestações com Crédito do Imposto" ou "ICMS - Valores Fiscais - Operações ou Prestações sem Crédito do Imposto", conforme o caso;
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Parágrafo único - O transporte da mercadoria em retorno será acompanhado pela própria Nota Fiscal emitida pelo remetente, cuja 1ª via deverá conter indicação, no verso, efetuada pelo destinatário ou pelo transportador, do motivo de não ter sido entregue a mercadoria.