Jonatan, o prazo do dia 09 do mês subsequente é para o responsável, ver cláusula quarta do Protocolo ICMS nº 84j/2011:
"Cláusula quarta O imposto retido pelo sujeito passivo por substituição regulamente inscrito no cadastro de contribuintes na unidade federada de destino será recolhido até o dia 9 (nove) do mês subsequente ao da remessa da mercadoria, mediante Guia Nacional de Recolhimento de Tributos Estaduais - GNRE - ou outro documento de arrecadação autorizado na legislação da unidade federada destinatária".
Veja que o documento citado é a GNRE, ou seja, está se referindo ao responsável do outro Estado (GNRE é para pagamento em favor de outro Estado).
Caso o Estado de destino quisesse que ela pagasse no prazo normal da legislação, nem mandaria o fornecedor reter o ICMS (nem mandaria ela entregar o valor embutido no valor total da NF-e), pois o que o Estado quer aqui é controle, é segurança do pronto do pagamento de forma antecipada (claro que o fornecedor precisa de um prazo para envio desses recursos, no caso, dia 09 do mês subsequente - mas esse prazo é dele).
Você afirmou que nunca deu problema, talvez porque não tenha Posto Fiscal a fim de exigir na fronteira, ou talvez por nunca a auditoria ter detectado.
2) (A questão de sempre pagar o imposto antes do início do transporte é prática costumeira, porém não obrigatória).
Resp. Não é obrigatória antes do início do transporte quando o serviço é iniciado por uma transportadora no seu próprio Estado, pois nesse caso a transportadora irá emitir o CT-e e recolher no prazo fixado na legislação como qualquer contribuinte do ICMS (da mesma forma que um emitente de NF-e paga no prazo fixado na legislação).
ATENTO, no caso de serviço de transporte prestado por autônomo ou por transportadora de outro Estado é obrigatório SIM o pagamento antes do início da prestação de serviço, conforme cláusula terceira do Convênio ICMS nº 25/1990:
"Cláusula terceira Excetuadas as hipóteses previstas nas Cláusulas anteriores, na prestação de serviço de transporte por transportador autônomo ou empresa transportadora de outra unidade da Federação não inscrita no cadastro de contribuintes do Estado de início da prestação, o pagamento do imposto será efetuado pelo contribuinte antes do início da prestação de serviço".
Obs. Como o fornecedor não reteve o ICMS DIFAL, não exigiu o valor do ICMS da sua empresa antecipadamente, entregue logo ao Fisco como determina a sua contabilidade. Não espere por tempo ruim! É verdade, pode nunca ser autuada, mas pague observando a lógica, o Estado quer que você entregue logo o dinheiro, não fosse assim não autorizaria o fornecedor pegar de você, diria que você ia pagar tal do dia do mês subsequente.
Como ele determinou que o fornecedor retenha de você e o fornecedor não fez, entregue logo esse valor e acaba qualquer discussão (siga a orientação da sua contabilidade, também penso como a contabilidade).