Sim, a incorporadora sucede em todos os direitos e obrigações, a incorporada deixa de existir (art. 227 da Lei 6.404/76):
"Art. 227. A incorporação é a operação pela qual uma ou mais sociedades são absorvidas por outra, que lhes sucede em todos os direitos e obrigações".
Aqui, independentemente de norma, cabe a lógica da não cumulatividade! A incorporadora irá pagar ICMS, logo, carece de crédito fiscal. Do contrário, só iria pagar o ICMS, sem ter crédito e isso é inadmissível pelo princípio da não cumulatividade.
Obs. Observe a resposta à consulta 3720/2014 que está em sintonia com o raciocínio acima, segue trecho:
" 11. Pelo exposto na consulta, verifica-se que a situação, em principio, não enseja a incidência do ICMS, uma vez que, com a incorporação, na prática haverá a integral transferência de titularidade do estabelecimento paulista para a Consulente.
12. Nesse sentido, não há que se falar em emissão de Nota Fiscal já que não ocorrerá operação relativa à circulação de mercadorias e de bens integrantes do ativo imobilizado, nem qualquer movimentação física desses itens.
13. Assim, informamos não ser devida a emissão de Nota Fiscal uma vez que o disposto no artigo 204 do Regulamento do ICMS, aprovado pelo Decreto 45.490/2000 (RICMS/2000), veda a emissão de documento fiscal nas hipóteses não previstas na legislação.
...".