Celso, na cobrança de diferencial de alíquota não tem MVA (já que o produto não se destina a revenda), mesmo quando se tratar de produtos sujeitos a substituição tributária, conforme cláusula décima segunda do Convênio ICMS nº 142/2008:
"Cláusula décima segunda Tratando-se de operação interestadual com bens e mercadorias submetidos ao regime de substituição tributária, destinados a uso, consumo ou ativo imobilizado do adquirente, a base de cálculo do imposto devido será o valor da operação interestadual adicionado do imposto correspondente à diferença entre a alíquota interna a consumidor final estabelecida na unidade federada de destino para o bem ou a mercadoria e a alíquota interestadual".
Obs. Regra geral, a base de cálculo do DIFAL tradicional (entre contribuintes) é o valor da operação acrescido do valor do IPI, demais despesas, inclusive frete, quando este for de responsabilidade do destinatário. Quando ao DIFAL da emenda 87/2015 a base de cálculo é única, ou seja, a mesma BC aplicada ao ICMS da obrigação direta (cláusula segunda, §1º, Convênio 93/2015).