Prezado Arthur, boa tarde
Seu questionamento é muito comum. Acredito que seja importante dois fatores: um contrato especificando o valor da locação e o valor da mão de obra. Isso permite mais segurança no momento de definir a base de cálculo do ISSQN.
O segundo fator é a emissão da nota fiscal que também deve ser bastante clara ao indicar os valores decorrentes da locação do bem (máquina) e o valor cobrado pelo condutor (serviço).
O ISSQN apenas deve incidir sobre o valor da mão de obra, no caso, do valor devido ao condutor do bem. Já que o valor devido pela locação não se subsume à hipótese de incidência do ISSQN, não devendo ser cobrado o tributo.
Além da Súmula Vinculante n. 31 que diz ser inconstitucional a cobrança de ISS em locação de bem móvel (máquinas, veículos, etc), há um posicionamento majoritário da jurisprudência reconhecendo esse entendimento. Como pode ser visto abaixo:
“TRIBUTÁRIO. IMPOSTO SOBRE SERVIÇOS DE QUALQUER NATUREZA. LOCAÇÃO DE BENS MÓVEIS ASSOCIADA A PRESTAÇÃO DE SERVIÇOS. LOCAÇÃO DE GUINDASTE E APRESENTAÇÃO DO RESPECTIVO OPERADOR. INCIDÊNCIA DO ISS SOBRE A PRESTAÇÃO DE SERVIÇO. NÃO INCIDÊNCIA SOBRE A LOCAÇÃO DE BENS MÓVEIS. SÚMULA VINCULANTE 31. AGRAVO REGIMENTAL. 1. A Súmula Vinculante 31 não exonera a prestação de serviços concomitante à locação de bens móveis do pagamento do ISS. 2. Se houver ao mesmo tempo locação de bem móvel e prestação de serviços, o ISS incide sobre o segundo fato, sem atingir o primeiro. 3. O que a agravante poderia ter discutido, mas não o fez, é a necessidade de adequação da base de cálculo do tributo para refletir o vulto econômico da prestação de serviço, sem a inclusão dos valores relacionados à locação. Agravo regimental ao qual se nega provimento.”
(STF - ARE: 656709 RS , Relator: Min. JOAQUIM BARBOSA, Data de Julgamento: 14/02/2012, Segunda Turma, Data de Publicação: ACÓRDÃO ELETRÔNICO DJe-048 DIVULG 07-03-2012 PUBLIC 08-03-2012)
Apesar disso, como advogado, tenho visto muita resistência das prefeituras em aceitar a tributação apenas da parte do valor do serviço, ou seja, especificado com valor devido ao condutor.
As cobranças feitas pelas municipalidades do valor total da nota fiscal ou do contrato podem ser modificadas através de decisões judiciais, possibilitando ao contribuinte que faça o recolhimento justo e correto do ISSQN, o qual deve apenas incidir sobre o valor do serviço prestado pelo condutor.
Ademais, outro ponto interessante, é que você indica que a alíquota do ISS é de 14%, porém o art. 8º, II da Lei Complementar 116/2003 estabelece a alíquota máxima de 5%. Cobrança acima dessa alíquota contraria legislação federal e é irregular, podendo ser questionada judicialmente. Tanto para pagamentos futuros quanto para pagamentos passados, até cinco anos anteriores, para reaver valores indevidamente recolhidos.
Espero ter ajudado.
Att.,