Bom dia,
você só irá colocar a redução para as mercadorias NÃO sujeitas à substituição tributária.
Ao preencher o PGDAS, você irá informar as mercadorias para revenda (comércio) ou venda (indústria), separando os valores totais com substituição tributária e sem substituição tributária, no grupo SEM substituição tributária, você informará na coluna do ICMS que ele possui redução, repetirá o valor do faturamento SEM substituição tributária e colocará a porcentagem de redução, o programa irá fazer o cálculo.
Aqui mesmo no Portal contábeis já havia sido disponibilizada uma planilha para encontrar o percentual de redução:
www.contabeis.com.br