É sabido que a entrada de mercadorias para o imobilizado é fato gerador do ICMS, conforme art. 2º, VI, RICMS/SP.
Exceção a esse pagamento consta no art. 2º, §5º e caput do 117 do mesmo RICMS/SP, ou seja, quando a alíquota interna não for superior à alíquota interestadual:
"Artigo 2º - Ocorre o fato gerador do imposto (Lei 6.374/89, art. 2º, na redação da Lei 10.619/00, art. 1º, II, e Lei Complementar federal 87/96, art. 12, XII, na redação da Lei Complementar 102/00, art. 1º):
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§ 5º - Nas hipóteses dos incisos VI, XIV, XVII e XVIII, será devido a este Estado o imposto correspondente à diferença entre a alíquota interna e a alíquota interestadual.
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Artigo 117 - Em caso de entrada, real ou simbólica, de mercadoria oriunda de outro Estado, destinada a uso, consumo ou integração no ativo imobilizado, ou de utilização de serviço cuja prestação se tiver iniciado fora do território paulista e não estiver vinculada a operação ou prestação subseqüente alcançada pela incidência do imposto, sendo a alíquota interna superior à interestadual, o contribuinte deverá escriturar no livro Registro de Apuração do ICMS, no período em que a mercadoria tiver entrado ou tiver sido tomado o serviço (Lei 6.374/89, art. 59):
...".
Portanto, se não estiver na exceção acima entendo ser devido o DIFAL a favor de São Paulo.