Bom dia Daiane !
Primeiramente, deve-se observar qual empresa é a contratante, classificada no Conhecimento de Transporte eletrônico (CT-e) como tomadora.
Então, a organização que paga pelo serviço e o registra nos lançamentos passivos é a que pode se creditar de ICMS. Porém, para isso, é necessário que a operação e seu documento fiscal sejam lançados na escrita fiscal, da mesma forma que a saída ou entrada tributável.
Apenas essas ocorrências, de natureza fiscal, dão direito ao crédito do imposto. Então, o frete deve ser tratado da mesma forma para que também conceda tal benefício. Por outro lado, se o serviço adquirido for lançado na escrituração contábil — como uma despesa com frete —, ele não dará direito ao crédito do tributo.
Nas operações FOB, o destinatário paga pelo serviço da transportadora ou pelo frete incluso na nota fiscal da mercadoria e se credita de ICMS em ambos. No transporte CIF, o remetente ganha o crédito se contrata uma prestadora para realizar a entrega — recebendo o CT-e de entrada.