Nota Fiscal de Ativo Imobilizado

Boa tarde, Srs.!
Estou com um cliente que efetuou a compra de um equipamento (escavadeira) para prestação de serviços de terraplenagem. A compra foi efetivada apenas por recibo em 01/2018. Agora o mesmo vendeu o equipamento mas a empresa está solicitando a Nota Fiscal de venda.
O cliente quer que seja feita a Nota Fiscal de entrada agora juntamente com a de saída pois falou que a Empresa que está comprando alega não ter nenhum problema. No meu entendimento não pode ser feita essa Nota de entrada e saída agora, mas como estou com esse cliente a apenas 45 dias está difícil a situação.
Alguém saberia me informar o melhor procedimento.
Grata pela atenção.

O correto é a emissão da NF-e de entrada mesmo como exige o comprador do bem que está no seu imobilizado.
Como já passaram mais de 3 (três) meses da aquisição para retificar a EFD deverá ter autorização do Fisco de São Paulo, conforme ensina o artigo 15, §2º, '2', Portaria CAT 147/2009:

"§ 2º - O contribuinte poderá, observado o procedimento previsto no § 1º, retificar a EFD:
1 - até o último dia do terceiro mês subsequente ao encerramento do mês da apuração, independentemente de autorização da Secretaria da Fazenda;
2 - após o prazo previsto no item 1 e nas hipóteses em que o erro relacionado ao ICMS não puder ser saneado por meio de lançamentos corretivos, somente mediante autorização da Secretaria da Fazenda".

Não se preocupe porque não será multada, conforme artigo 529 do RICMS/SP, caso procure o Fisco será considerado denúnica espontânea, portanto, livre de penalidades:

"Artigo 529 - O contribuinte que procurar a repartição fiscal, antes de qualquer procedimento do fisco, para sanar irregularidade relacionada com o cumprimento de obrigação pertinente ao imposto, ficará a salvo das penalidades previstas no artigo 527, desde que a irregularidade seja sanada no prazo cominado".

2) Proceda conforme art. 15, §4º e §4-A, da citada Portaria CAT:

"§ 4º - Para fins de obter a autorização de que trata o item 2 do § 2º, o contribuinte deverá:
1 - gerar a EFD retificadora, nos termos do item 1 do §1º;
2 - solicitar autorização para retificação da EFD no endereço eletrônico https://portal.fazenda.sp.gov.br/servicos/sped/Paginas/Sobre.aspx, opção “Retificação”, mediante os seguintes procedimentos:

a) utilizar certificado digital emitido por entidade credenciada pela Infraestrutura de Chaves Públicas Brasileira - ICP-Brasil, que contenha a indicação do número de inscrição no Cadastro Nacional da Pessoa Jurídica - CNPJ de qualquer dos seus estabelecimentos;
b) descrever, em campo próprio, o resumo das alterações a serem efetuadas;
§ 4º-A - Concluído o procedimento descrito no § 4º, será informado o prazo para que o contribuinte envie o arquivo digital da EFD retificadora ao ambiente nacional do SPED, nos termos do artigo 9º".

Obs. Feito esse procedimento, então, estará apta a emitir a NF-e de saída do imobilizado (não incidência, conforme art. 7º, XIV, RICMS/SP).