Estamos em tempos nebulosos e de regulamentação confusa.
Mesmo sendo possível a venda hoje, é possível que por instrução normativa algum órgão resolva criar uma regra de rejeição de alguma remessa de obrigação acessória(à exemplo do exemplo dos EFDs) impedindo ou obrigando a informação de CPF ou CNPJ.
Além do mais, existe uma forte tendência de vendas por internet, não sei se é o caso agora, mas talvez seja o caso de ocorrer no futuro, e nesse caso, um cnae de vendas a varejo se torna necessário.
Dessa forma, independente do status atual, recomendo já figurar no contrato social a possibilidade de vendas por qualquer canal de distribuição, seja por atacado ou varejo; exportação ou no mercado internacional.
Mesmo que não vá exportar agora, a internet sempre abre oportunidades. Não deixe a burocracia atrapalhar uma boa venda.
Dependendo do que for fabricar, se for dada garantia de manutenção/instalação, preveja tudo no contrato social para que, caso seja necessário fique mais fácil solicitar mais inscrições adicionais no CNAE.
Concluindo: Como o CNAE é só para fins estatísticos e enquadramento tributário, salvo no caso de um determinado CNAE impedir o enquadramento no simples, o único custo adicional seria fazer declarações de "sem movimento" em algumas obrigações acessórias.
Minha recomendação: "Coloque o negócio em primeiro plano, não o fisco!".