ISSQN de Transporte - Reter ou não na fonte

Pessoal bom dia...

Trabalho em um órgão publico e temos contrato com uma empresa que faz transporte de alunos, na qual a sede dela e a prestação do serviço são no mesmo município, e a qual sempre fizemos a retenção do iss normalmente (eles enviavam a nota fiscal marcado o iss como retido).

Agora esse mês eles estão alegando que por prestarem o serviço dentro do próprio município deles não deve haver a retenção na fonte do ISS. 
Ligamos na Fiscalização Tributaria da Prefeitura, mas sem sucesso em conseguir informações.

Se na nota vem "iss sem retenção" e a gente fizer a retenção, a empresa será tributada em dobro não é?

Cara Aline,

Em conformidade com o artigo 6º da LC 116/03, a retenção é de responsabilidade de cada município legislar a respeito do assunto, portanto, deve analisar a legislação do município onde está para verificar essa exigência.
No entanto a grande maioria dos municípios "elegem" os demais entes federais e órgãos públicos como substitutos tributários, o que seria o seu caso. Recomendo que faça uma consulta por escrito a fiscalização do município.
Se for reter deve pedir para o prestador substituir a NFS-e sem retenção por uma com retenção.