Compra de Veiculo de outro Estado

Uma empresa de SC comprou um veiculo direto de fabrica de SP.

Valor NFe: 55.019,56
Valor produto: 50.347,90
Base calculo ICMs: 41.171,13
Valor ICMS: 4.940,54
Base calculo ICMS ST: 55.019,56
Valor ICMS ST: 1661,81
IPI: 4.671,66

CST: 510 
CFOP: 6401

Então, o valor do ICMS ST não soma ao valor total da nota.
Não veio a GNRE junto da nota.
A empresa Vendedora apura o ICMS por apuração.

Tenho pouca experiencia e nunca vi o ICMS ST não somar ao valor da nota.

Agora não sei,
TENHO QUE PAGAR ESSE ICMS ST ?

Dediane, desde 2000 que existe essa sistemática de tributação (operação realizada conforme Convênio nº 51/2000).
O valor da NF-e = Valor do veículo + IPI.
Você deve identificar na NF-e qual o percentual do IPI (alíquota). Encontrado esse percentual irá no Convênio ICMS nº 51/2000 e irá encontrar um percentual respectivo. Esse percentual é a base de cálculo para o ICMS do Estado de São Paulo. A diferença é a base de cálculo para o seu Estado Santa Catarina. Por exemplo, digamos que conforme a alíquota do IPI o percentual encontrado no Convênio ICMS nº 51/2000 seja 38,70, então a diferença é 100 - 38,70 = 61,30. Esse percentual de 61,30 é a base de cálculo do ICMS do seu Estado.
A montadora em São Paulo fez isso, encontrou o percentual no Convênio e reteve o ICMS de São Paulo e o ICMS de Santa Catarina.
No caso, 

Obs. Já existe tópico aqui no fórum onde explico a questão pois o colega passou todos os dados, como você não passou os dados não posso explicar melhor. Segue link aqui do fóru com o mesmo assunto onde está todos os comentários que você quer saber:

https://www.contabeis.com.br/forum/tributos-estaduais-municipais/306386/icms-st-nao-compondo-o-valor-total-da-nota-aquisicao-de-aut/