Para iniciar o processo, o contador responsável pela escrituração fiscal do documento, preposto ou representante legal da empresa que emitiu o CTe deve buscar pela seção do cancelamento extemporâneo de cte acessando o domínio oficial da Secretaria da Fazenda — SEFAZ — do estado onde o serviço será prestado.
Em alguns portais, essa opção aparecerá ao consultar o status de um CTe, ao acessá-la serão requisitadas as chaves numéricas dos documentos. O sistema analisará a consistência das informações e expedirá um protocolo com a data, hora e número do CTe relativos ao cancelamento.
Também é possível realizar o rito por um software desenvolvido por uma empresa particular ou disponibilizado gratuitamente pelo fisco — se houver, pois os programas gratuitos de gestão de CTes estão sendo descontinuados.
O site também expedirá um Documento de Arrecadação — DAR-1/AUT —, cuja finalidade é efetivar o pagamento da Taxa de Serviços Estaduais — TSE.
Esse é um pagamento obrigatório — cujo valor varia de acordo com cada estado — para que o cancelamento extemporâneo de cte seja autorizado. Ele poderá ser pago até o 13º dia do mês subsequente daquele em que foi concedida a Autorização de Uso do CTe a ser cancelado.
Entretanto, caso o DAR-1/AUT seja gerado no mesmo mês em que foi lançada a Autorização de Uso do CTE, o pagamento do TSE deverá ser feito até o último dia desse mês.
É permitido solicitar cinco cancelamentos de uma vez, desde que os CTes tenham sido emitidos no mesmo mês.
Na situação em que o documento tem um Manifesto Eletrônico de Documentos (MDFe) vinculado, será necessário pedir o seu cancelamento também.
ATENÇÃO: Deve-se saber que alguns estados penalizam as empresas pelo atraso no cancelamento, por exemplo, o Regulamento do ICMS/2000 do estado de São Paulo impõe uma multa equivalente a 10% do valor da operação ou prestação descrita no documento. O valor dessa sanção será de, no mínimo, 15 unidades fiscais de São Paulo (valor em reais varia anualmente).