Cobrança de ISS Simples Nacional Com PERT

Boa tarde Pessoal,

Estou com uma empresa que realizou a adesão do PERT SN ano passado.
Porém agora a prefeitura, esta fazendo a cobrança do ISS referente ao período parcelado. 
Alguém sabe como devo proceder para resolver esta situação?  

Cara Jaqueline,

Um detalhe importante é que não todos os sistemas utilizados pelas prefeituras que importam todas as informações disponíveis, ou seja, não existe basicamente uma troca de informações entre RFB e Prefeitura, claro que nem precisava dizer que não usam os mesmos sistemas.
Considerando que as NFS são emitidas nos sistemas das prefeituras e com isso as prefeituras podem lançar o ISS para seu controle, mas não podem exigir esses valores, a não ser que a Procuradoria do Município tenha convênio com a Procuradoria Geral da Fazenda Nacional. Com esse convênio a PGFN "transfere" a exigibilidade para os municípios, quando eles podem cobrar.
Portanto no seu caso pode estar ocorrendo dois fatos:
1 - A prefeitura cobrando um valor que não poderia.
2 - A prefeitura cobrando um valor que lhe foi transferido pela PGFN.

Recomendo que analise o parcelamento que fez e se nele estiverem os valores de ISS estamos no primeiro caso, entretanto se não localizar valores de ISS no parcelamento será o segundo caso.
Depois de feita a verificação deve procurar a Prefeitura para demonstrar que o ISS está parcelado (primeiro caso) na RFB, ou providenciar a quitação do ISS junto a prefeitura (segundo caso).