ISS sobre locação de bens de "terceiros"

Empresa administradora de bens CNAE 68.22-6-00 - Gestão e administração da propriedade imobiliária, enquadrada no Presumido, está administrando os bens imóveis da família, porém esses bens, não estão em nome da empresa, mas sim em nome dos pais dos proprietários da administradora;
A empresa tem um contrato de comodato, dos pais em favor da administradora, ele tem um imóvel alugado a terceiros e está emitindo notas fiscais referente a locação; neste caso tem a incidência de ISS? A Prefeitura diz que tem a incidência porque os bens não estão de posse da administradora.
Caso tenha ISS, qual seria o procedimento a ser feito para a isenção desse imposto? Mudar o CNAE da administradora de bens para 6810-2/02 - Aluguel de imóveis próprios e transferir os bens para a empresa? Não teria uma solução mais barata, visto que a transferência tem um alto valor de impostos? 

vamos aguardar outros comentários, mas no momento que vc emitir uma nota de prestação de serviço, vc está afirmando que está prestando um serviço, certíssimo a prefeitura em cobrar, não sei se enquadra mas uma nota de fatura, recibo de aluguel pois tenho um cliente que aluga suas maquinas e neste caso não emiti nota, apenas fatura de locação