Esses convênios citados 28/99 (é de motocicleta) e o Convênio 52/99 atualizado pelo 72/00 (é de veículos), esqueça-os, pois atualmente o Convênio que autoriza o Estado do Rio Grande do Sul a oferecer redução de base de cálculo de forma que a carga tributária seja de 12% é o 195/2017 (Sai na nota fiscal esses convênios porque estão gravados no sistema da montadora de veículos, eles constam na cláusula segunda, §1º do Convênio 51/2000).
Você disse que teve um retorno simbólico pois o faturamento estava errado e aí houve um novo faturamento (mas isso não importa porque somente um veículo é que chegou ao cliente).
Dito isso, vamos ao seu questionamento que foi: "gostaria de saber se tem que pagar diferencial de aliquota de 6%, na nota teve icms normal e icms substituição tributaria".
RESP. A resposta é não pois nas vendas faturadas pela montadora diretamente ao consumidor final existe uma repartição de ICMS, uma parte fica para o Estado da montadora e outra parte para o Estado onde a concessionária está estabelecida para entrega do veículo.
O ICMS da origem é o normal (o destacado na nota fiscal e é de Minas Gerais) e o ICMS do Rio Grande do Sul (onde está a concessionária) é justamente o ICMS substituição tributária que você falou.
A montadora enviará esse ICMS a favor do RS, não tem que pagar nada, está retido o ICMS (substituição tributária), é importante que leia a cláusula primeira, §2º, do Convênio ICMS 51/00.
