Lara,
No tocante ao ICMS, isso é bastante complicado. Acho melhor corrigir pra frente ou você entrar em contato com a SEFAZ para analisar o caso. Tem gente que altera para a forma correta e manda ver.
Em relação ao PIS e COFINS é a mesma coisa.
Em fim, é preciso que Empresário x Contador se reúnam, analisem a questão e decidam o que fazer. Se a opção for ajustar as informações já expressas nos documentos eletrônicos, tem que ter a ciência de que o Fisco pode solicitar explicações. Pode acontecer de passar os 05 anos possíveis de fiscalização e não acontecer nada também.
Mas é preciso que todos tenham ciência do problema e corrigir para que não aconteça novamente.