Caros amigos,
Na verdade existe uma imunidade constitucional de IMPOSTOS de alguns tipos de entidades sem fins lucrativos, não é uma imunidade tributária, portanto é correta a cobrança de taxas pelas prefeituras.
Correta a resposta do colega Vagner que lembra das possibilidades de isenções municipais, para isso tem de existir uma lei específica (não pode ser decreto) inclusive especificando quais as isenções a empresa tem direito.
Art. 150 da Constituição Federal
Att, Reinaldo Fonseca
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Cuidado com o "COSTUME", a Legislação muda.