Mercia, bom dia!
Normalmente transporte dentro de um mesmo município é coberto pela NFS-e cabendo a utilização do CT-e apenas para transporte intermunicipal e interestadual devido a incidência do ICMS.
Quanto ao CFOP deverá ser observada a operação que está sendo realizada individualmente, pois temos:
5.350 - PRESTAÇÕES DE SERVIÇOS DE TRANSPORTE
5.351 - Prestação de serviço de transporte para execução de serviço da mesma natureza
5.352 - Prestação de serviço de transporte a estabelecimento industrial
5.353 - Prestação de serviço de transporte a estabelecimento comercial
5.354 - Prestação de serviço de transporte a estabelecimento de prestador de serviço de comunicação
5.355 - Prestação de serviço de transporte a estabelecimento de geradora ou de distribuidora de energia elétrica
5.356 - Prestação de serviço de transporte a estabelecimento de produtor rural
5.357 - Prestação de serviço de transporte a não contribuinte
5.359 - Prestação de serviço de transporte a contribuinte ou a não contribuinte quando a mercadoria transportada
está dispensada de emissão de nota fiscal
5.360 - Prestação de serviço de transporte a contribuinte substituto em relação ao serviço de transporte