O primeiro passo é observar se a NCM dessas bombas constam na relação da Resolução da Secretaria da Fazenda nº 04/1998 (para saber se são bombas do setor agrícola, para saber se são do Convênio 52/91)! São produtos com alíquota interna de 12% conforme artigo 54, V, Regulamento do ICMS do Estado de São Paulo.
Caso seja esses produtos, então, diz o artigo 1º do Decreto nº 51.608/2007:
"Artigo 1° - Nas sucessivas saídas internas de máquina ou implemento agrícola, o lançamento do ICMS incidente fica diferido para o momento em que ocorrer a saída, do estabelecimento rural, dos produtos resultantes sujeitos ao imposto".
Veja que o dispositivo é claro é não deixam dúvidas: o ICMS é diferido PARA A SAÍDA DO ESTABELECIMENTO RURAL DOS PRODUTOS RESULTANTES SUJEITOS AO ICMS.
Imagine que um produtor rural compre essa bomba e que sirva para produzir um produto XY (é evidente que ele irá vender esse produto XY incluindo os custos dessa bomba), então, quando ele vender esse produto XY estará pagando o ICMS diferido da bomba.
Portanto, o ICMS é diferido, sem dúvidas porque é uma operação interna, o comprador tem inscrição em SP pois é um contribuinte do ICMS do setor agrícola (e claro, tem que constar na relação da Resolução 04/98 citada acima).
A indústria tem razão, não tem que pagar nada pois o ICMS está diferido para os produtos resultantes efetuados pelo produtor rural que comprou as bombas.
Obs. Agora, caso a NCM não conste na relação da Resolução da SEFAZ 04/98, então, a assessoria tem razão e o ICMS não é diferido.
Tem que obedecer as condições para o ICMS ser diferido: uma operação interna, o comprador ter inscrição em SP pois é um contribuinte do ICMS do setor agrícola. Imagine que venda para um consumidor final sem inscrição... vem a pergunta: terá produto resultante? a resposta é não, logo, nesse caso, a assessoria também terá razão. Caso seja atendidas as condições, então, tem ICMS diferido, do contrário, não tem ICMS diferido.