No caso, a mercadoria foi realizada entre contribuintes e destinada à industrialização, logo, o IPI não integra a base de cálculo do ICMS de quem emitiu a NF-e (artigo 155, §2º, XI, CF/88).
Assim, na cobrança do diferencial de alíquotas pelo Fisco de São Paulo não terá o IPI na base de cálculo, pois o artigo 115, XV-A, 'a', diz que o ICMS é o valor resultante da multiplicação do percentual correspondente à diferença entre a alíquota interna e a interestadual pela base de cálculo, quando a alíquota interestadual for inferior à interna do Estado de São Paulo.
Ora, como vimos acima, o IPI não integra a BC!
Imagine que a mercadoria enviada por um contribuinte do Ceará corresponde a R$ 750,00 e o IPI corresponde a R$ 75,00, a base de cálculo na NF-e emitida pelo fornecedor é R$ 750,00. Assim, temos:
R$ 750,00 x 12% = 90,00
BC em SP é R$ 750,00 porque essa foi a base de cálculo pelo contribuinte do Ceará.
Logo, o ICMS de SP será: R$ 750,00 x 18% = R$ 135,00.
R$ 135,00 - R$ 90,00 = R$ 45,00.