ISS zero, pode ou não?

Boa tarde, gostaria de tirar uma dúvida. Posso emitir uma NF de serviço e deixar o ISS zero?

A questão que me aconteceu foi o seguinte. Temos um serviço autorizado para fazer onde a emissão da NF é para a prefeitura da cidade (Bertioga-SP), porém quem irá pagar será o supermercado da cidade. O Serviço é de estruturas para bags de lixo reciclável. O pagador tem um valor estipulado exato para realizar este pagamento, inclusive precisa constar até os centavos certinho.

Eu já emiti essa NF, porém não tinha o conhecimento que o valor líquido tinha que ser o exato valor passado de R$ 12.018,86, e acabou na NF retendo os 2% do ISS que preencho na emissão.

O que eu iria fazer é acrescentar o valor bruto, mudar para R$ 12.264,15 para que no desconto dos 2% do ISS ficasse o valor líquido de 12.018,86 como o pessoal precisa. Tentei substituir a NF para fazer essa correção, mas o valor fica bloqueado para edição, e o que consigo alterar é o ISS, consigo deixar zero, assim meu valor líquido fica da forma que preciso.

Para realizar o cancelamento seria bem mais complicado, temos que ir até a Prefeitura e fazer essa solicitação.

Resumindo, pode substituir minha NF deixando o ISS zerado? Posso ter problemas com isso ou não?

Desde já agradeço a atenção.

Vc precisaria informar onde está localizada a sua empresa, se na mesma cidade de Bertioga onde o ISS será devido, ou está em outra cidade e o serviço está sujeito à retenção na fonte.
O destaque do iss na nota fiscal é facultativa, então vc pode zerar esta informação e emitir a nf com o valor a receber.
Se o ISS for do tipo retenção, vc mesmo poderá fazê-lo em guia emitida em nome do tomador.
Se o iss for devido na sede da empresa vc inclui no seu movimento e paga geral.

Caros colegas,

No sistema que está em meu município a base para emissão de guia é o ISS informando na NFS-e se informar zero, aqui, não irá conseguir emitir a guia para recolhimento. Priscila Alves

Olá Salvador, ok, muito obrigada, me ajudou bastante...

Priscila,
Se entendi corretamente, o ISS é retido. A providência mais simples, é você emitir uma nota fiscal complementar, cuja a soma de ambas, descontado o ISS retido, é igual ao valor devido ao fornecedor.