Falta de Mercadoria Importada - Remessa conta e ordem

Bom dia

Somos uma indústria situada em SC onde efetuamos a compra de mercadoria importada por conta e ordem de outra empresa também situada em SC (CFOP 5.949).

Ocorre que na última compra, foi constatado no momento da conferência que houve falta física de mercadorias.
Como deveremos proceder fiscalmente, visto que houve crédito de ICMS?

Alguém já passou por isso?

Aguardo e obrigada

O importador por conta e ordem é contratado apenas para efetuar o despacho aduaneiro (a relação jurídica é apenas de prestação de serviços).
O fato é que nem o Fisco Federal, tampouco o Fisco Estadual perceberam a falta de mercadoria! Assim, a NF-e de entrada diz uma  coisa e o estoque diz outro!
Para regularizar o estoque proceda conforme artigo 26, II, combinado com o §2º do mesmo artigo, anexo 5, RICMS/SC.