Fretamento Aéreo

Bom dia! Contratamos uma empresa de táxi aéreo para fazer sobrevoos em algumas regiões para um projeto de pesquisa. Minha dúvida é com relação a nota fiscal que será emitida. Alguém poderia me dizer se é correto a emissão da nota de fretamento aéreo como sendo de venda, no CFOP de outras saídas _6.949.

Não foi dito se é interno ou interestadual!
Conforme resolução do Senado Federal nº 95/1996, somente é aplicada a alíquota de 4% sobre o transporte interestadual de passageiros, cargas e mala postal (não estou adentrando na ADI 1.600 de 08/1997 resolvida pelo STF, que decidiu pela incidência apenas pelo ICMS de transporte aéreo de carga nacional).
Seja como for, o artigo 2º, II, Lei Kandir, diz que o serviço de transporte (por qualquer via) incide sobre o transporte de pessoas, bens, mercadorias ou valores.

2) Quanto ao ISS, incide apenas se o serviço for intramunicipal (item 16 da lista anexa à LC nº 116/2003).

Portanto, um serviço de avião (sobrevoo) para pesquisa, não tem incidência do ICMS, tampouco do ISS (que é apenas um serviço intramunicipal).

3) Serviço que não é competência municipal somente incide o ICMS quando existe fornecimento de mercadorias  (artigo 2º, IV, Lei Kandir).

Portanto, um recibo resolve a questão, conforme artigos 319 e 320 do Código Civil.