Boa tarde Daniel
O fato de a empresa adotar o Emissor de Cupom Fiscal não impede de emitir a NF modelo 1. O cupom fiscal é emitido apenas para consumidor final (pessoa física). No caso de pessoa jurídica, você vai emitir a NF modelo 1, pois a NF modelo 2 e cupom fiscal não têm validade para pessoa jurídica.
Caso você emita cupom fiscal e somente após o registro seja identificado que a operação é para pessoa jurídica, aí você emite a NF modelo 1 no valor exato do cupom fiscal sem destacar o ICMS (pois o imposto será pago através do cupom) e menciona os dados do cupom fiscal na NF modelo 1. O fundamento legal é o artigo 135 parágrafo 2 do RICMS/SP:
Art. 135 - O Cupom Fiscal será emitido por meio de Equipamento
Emissor de Cupom Fiscal - ECF, nas vendas à vista a pessoa natural ou
jurídica não-contribuinte do imposto, em que a mercadoria for retirada
ou consumida no próprio estabelecimento pelo comprador :
Parágrafo 2º - Além do cupom fiscal, deverá ser emitida, também, a Nota
Fiscal nos casos em que a legislação exija esse documento ou quando
solicitada pelo adquirente da mercadoria, hipótese em que:
1 - serão anotados nas vias do documento fiscal emitido, os números de
ordem do Cupom Fiscal e do ECF, este atribuído pelo estabelecimento;
2 - o documento fiscal será escriturado no livro Registro de Saídas
apenas na coluna "Observações", onde serão indicados o seu número e a sua série;
3 - o Cupom Fiscal será anexado à via fixa do documento fiscal emitido.
Você só escriturará a NF no livro de saída na coluna observação, visto que, o valor da operação e respectivo imposto serão lançados através do cupom fiscal (mapa resumo).
atn