Recebimento de comissão - bitributação

Boa tarde, tenho duas dúvidas e desde ja agradeço aqueles que se dispuserem em me ajudar!

Sobre a primeira dúvida, encontrei um fórum aqui, exatamente igual, porém sem desfecho.
www.contabeis.com.br

No entanto no meu caso, trata-se de uma nova cliente que me procurou. 

Hoje, ela presta serviços como pessoa física a uma empresa Promotora bancária, onde realiza-se empréstimos consignados, atualmente ela recebe comissão pelos serviços prestados, porém não emite nota ou paga imposto sobre isso. 

Então o esquema é assim, ela pessoa física, trabalha para uma PJ que trabalha para o banco. 

Instituição Financeira > Empresa Cadastrada > PF - prestador de serviço. 

(Nesta primeira situação , já entendo que a PJ deveria fazer retenção e recolhimento de imposto, sendo descontado da comissão da PF) Estou certa? 

1) Entretanto, a dúvida é a seguinte, foi solicitado a ela que abra uma PJ, visto que não aceitaram mais PF na prestação desses serviços.
Eu entendo, que ela deverá emitir a NF de prestação de serviço para receber a comissão, mesmo que continue trabalhando para essa PJ intermediária. 
Porém me questiono se não irá ocorrer uma bitributação?? Visto que, a intermediária já emite NF para o banco sobre esse serviço. 

Segunda dúvida

2) O Caso é parecido, porém trata-se de uma empresa de transporte, essa PJ presta serviços há uma transportadora maior. Faz viagens com motorista e caminhão próprio. A transportadora emite o conhecimento de transporte para cada viagem. A dúvida é, essa PJ deve emitir uma NF pelo serviço? ou apenas declarar o PGdas sobre o valor recebido? Se tiver que emitir NF - como relacionar este serviço prestado, com uma nota de serviço,  sendo que o transporte é para outro estado e já é emitido o conhecimento?

Grata,