ICMS - SP na divida ativa pago errado

Boa tarde!

Sou contador em Minas Gerais, tenho um cliente que possui empresa em Minas e São Paulo, não conheço todos os meios de apuração no site do estado de São Paulo (Cada estado trabalha de uma forma).
No começo do ano foi feita apuração de antecipação de ICMS, mandei para o cliente a guia e ele não pagou, acabou que foi para Divida Ativa e o cartório me pediu para gerar a guia novamente e realizar o  pagamento que em até 3 dias já estaria tudo ok sem nenhuma pendencia.

Entrei no PFE - Posto Fiscal Eletrônico e emiti. Mas mesmo depois do pagamento da guia, a pendencia continuava na Divida Ativa,  ai que descobri que os boletos deveria ser emitidos pela PGE - Procuradoria Geral do Estado.

Gostaria de ajuda para ver se consigo fazer a compensação de um lugar para o outro e pagar a diferença ou se terei que pagar pela PGE - Procuradoria Geral do Estado?
E em caso de pedir restituição pelo PFE (PFE - Posto Fiscal Eletrônico), como faço?

Já tentei entrar em contato várias vezes nas Secretarias do Estado, mas não atendem!  

Terá que recolher o débito via PGE e solicitar a restituição administrativa, junto ao PFE da jurisdição. Ao invés da restituição, também é possível a autorregularização, creditando-se do valor pago indevidamente, em competências futuras.
portal.fazenda.sp.gov.br

Muito obrigado, João!