Emissão de NFS com reembolso

Boa tarde Pessoal

To com uma grande dúvida aqui 

trabalho em uma empresa que presta serviço. Identifiquei que na hora da emissão das notas de serviço não estavam abatendo o valor do reembolso ou seja a emissão da era feita no valor bruto e com isso o valor o ISS pago ( empresa Lucro Real ) de acordo com a NFS emitida da mesma forma com as empresas do simples . No meu entendimento as notas deveriam ser emitidas com o valor líquido qdo houver reembolso  Gostaria de saber como é contabilizado os reembolsos e se está correto o meu raciocínio está correto .