Boa tarde!
Deixa eu tentar ajudar.
Pelo que entendi, a mercadoria foi paga. O valor pago foi sem desconto, certo?
Ou seja, o desconto foi concedido depois que vocês pagaram. Neste caso, trata-se de um Desconto Financeiro. Caso o desconto estivesse na Nota Fiscal, seria Desconto Comercial.
No seu caso, o valor correspondente a esse desconto não está isento de tributação sendo, portanto, incorreto reaver este valor através de Nota de Débito (isenta de tributação).
A solução que vejo para o seu caso, é que o fornecedor devolva o valor "pago a maior", acompanhado de um recibo devidamente assinado por vocês, explicando o motivo da devolução.
Em seguida, fazer o lançamento contábil corretamente, na mesma data da compra do bem.
Pela compra da mercadoria:
D - Estoques (AC)
C - Fornecedores (PC)
Pelo pagamento antecipado de compra realizada, com obtenção de desconto financeiro:
D - Fornecedores (PC)
C - Bco. c/ Mvto. (AC)
C - Descontos Financeiros Obtidos (CR)
Esse é meu entendimento,
porém sugiro que aguarde comentários dos demais colegas, pois não garanto que essa seja a forma correta de se proceder, nesse caso.