Notas Fiscal Desconto

Olá!

Adquirimos mercadoria com desconto, porém a NF foi emitida sem o desconto. Isso aconteceu porque o desconto foi concedido posterior a negociação.
Enviamos uma Nota de débito para o fornecedor para conseguir receber o valor, porém o mesmo não aceito alegando que neste modelo não entra como despesa dedutível.

Conseguem me ajudar e confirmar se tem alguma outra forma de emitir o documento fiscal para contemplar o desconto? 

Obrigada.

Boa tarde! 

Deixa eu tentar ajudar.
Pelo que entendi, a mercadoria foi paga. O valor pago foi sem desconto, certo? 
Ou seja, o desconto foi concedido depois que vocês pagaram. Neste caso, trata-se de um Desconto Financeiro. Caso o desconto estivesse na Nota Fiscal, seria Desconto Comercial.
No seu caso, o valor correspondente a esse desconto não está isento de tributação sendo, portanto, incorreto reaver este valor através de Nota de Débito (isenta de tributação).
A solução que vejo para o seu caso, é que o fornecedor devolva o valor "pago a maior", acompanhado de um recibo devidamente assinado por vocês, explicando o motivo da devolução. 
Em seguida, fazer o lançamento contábil corretamente, na mesma data da compra do bem.

Pela compra da mercadoria:

Pelo pagamento antecipado de compra realizada, com obtenção de desconto financeiro:

Esse é meu entendimento, porém sugiro que aguarde comentários dos demais colegas, pois não garanto que essa seja a forma correta de se proceder, nesse caso.