icms substituição tributária

estou fazendo um estudo  para uma indústria de GIN, ele compra a matéria prima e envia para outro estado para industrializar, a remessa e a volta tudo certo, no serviço de industrialização é cobrado a substituição tributaria, minha duvida com ele for vender o produto deve se calcular a diferença da substituição tributaria, uma vez que se pagou somente sobre o serviço da industrialização ou não?