CT-e complementar

Bom dia, colegas!
Espero encontra-los bem.

Tenho uma situação e gostaria de compartilha-la para saber se alguém mais teve caso semelhante e se encontrou solução adequada na legislação.

Temos a emissão de um CT-e com complemento e que deverá ser anulado, devido substituições de notas fiscais. Entretanto, por já ter passado o período de 7 dias para cancelamento, e já ter sido iniciado o transporte, os CT-e original e complementar receberam o evento de desacordo. Mas não estamos conseguindo realizar a anulação do original, retorno o código de rejeição 658 - CT-e objeto da anulação não pode ter sido complementado.

Entendo que o CT-e complementar deveria ser o primeiro a ser anulado. Mas o nosso sistema se quer habilita tal condição.

O que deverá ser feito neste caso? Alguém já passou por isso?
 
Agradeço pela atenção de sempre.