Bitributação ISS

Olá, estou com uma dúvida referente a uma empresa de engenharia com
CNAE 7119701 - Serviços de cartografia, topografia e geodésia
Classificação do Serviço (LEI 116/2003) : 07.20 - Aerofotogrametria (inclusive interpretação), cartografia, mapeamento, levantamentos topográficos, batimétricos, geográficos, geodésicos, geológicos, geofísicos e congêneres 

A mesma é do Simples Nacional e o ISS é devido para o município tomador do serviço, mas a prefeitura onde fica o estabelecimento estava cobrando o ISS alegando que a incidência é na cidade do prestador e por isso a empresa estava realizando o pagamento para a prefeitura da própria cidade. 

O que preciso fazer para conseguir a restituição desse valor pago para a prefeitura errada? Preciso entrar com algum processo? 
Eu ligo pra eles, mas eles dizem que o ISS é deles e não dão mais informações 

Jesia

a prefeitura deve estar cobrando com base num de CPOM , o que foi definido como IRREGULAR pelo STF

entre em contato com o seu cliente e verifique a alegação da prrefetura, pois o ISS realmente é devido pelo prestador e SEM retençao

Marlus