José Antônio,
Acho que não. A Prefeitura da sede da empresa não iria aceitar por justamente o ISS ser devido à ela conforme código do serviço da lei municipal. É um problema da empresa prestadora com o tomador/cidade do tomador.
Como escrevi anteriormente, o problema é a cidade de São Paulo exigir que tomador de lá faça retenção mesmo que o ISS seja devido à sede do prestador. No seu caso, só vejo a possibilidade da empresa fazer o cadastro no CPOM de São Paulo para as futuras notas fiscais de serviço ou se não fizer o cadastro, passar a cobrar o valor do ISS da retenção "por dentro" no preço do serviço mesmo que seja recolhido duas vezes o ISS. Nessa segunda sugestão, não teria um prejuízo maior pois você estaria cobrando o valor do ISS somando ao valor da NFSe (mesmo que só destaque normalmente o ISS devido à sede da empresa).
Por curiosidade, qual o item de serviço, valor e valor do ISSQN da NFSe?