Bom dia, Cheila.
Algumas perguntas:
1 - Qual CFOP e CST/CSOSN estava na NOTA do FORNECEDOR ao VENDER para seu Cliente?
2 - Existe Protocolo Convênio referente a essa MERCADORIA entre o Estado do seu Cliente e do Destinatário?
Além dessas respostas, precisa saber se existe algum beneficio referente a vendas de Produtos com obrigação de retenção do ICMS-ST para Órgãos Públicos Municipais, já que existe previsão no Convênio ICMS 26/2003, Cláusula Primeira, que autoriza os Estados e o Distrito Federal a conceder isenção de ICMS nas operações ou prestações internas destinadas a órgãos da Administração Pública estadual direta e suas fundações e autarquias.
Como pode ver, a isenção é para Operações Internas e não abrangem as Interestaduais e nem Órgãos Públicos Municipais.
Espero ter-lhe ajudado!