Empresa mencionada como transportadora indevidamente

Espero que estejam todos bem!
Obs.: Caso minha questão deva ser transferida de sala, fiquem à vontade. Eu não encontrei sala que fosse mais adequada que essa para a dúvida que tenho, mas fiquem à vontade para redirecioná-la.

Em resumo, gostaria de saber se a empresa em que trabalho pode sofrer penalidades por estar sendo mencionada indevidamente como transportadora em algumas NF-e's. 
Temos alguns clientes para o qual prestamos serviço de transporte, mas sabemos que não somos a única transportadora que carrega para eles, no entanto, talvez por pressa ou por falta de atenção, acabamos sendo mencionados como transportador em diversas cargas que não seremos nós o real transportador e isso me gerou uma preocupação. 

Começamos a perceber isso quando implantamos sistema de captação de XML para documentos em que a nossa empresa fosse mencionada como transportadora, para termos um melhor controle da na parte de faturamento, evitando perdas. 
Com isso começamos a pegar estes diversos casos. Alguns com a devida carta de correção, mas outros (a maioria) sem essa correção. 

Consulta a chave de acesso já notei que foi emitido CT-e, provavelmente pela empresa correta, mas fico preocupado porque não sei até que ponto Estado pode consultar estes documentos e se sentir lesado pela nossa empresa por não termos emitido um CT-e, e com isso, não termos recolhido o ICMS.

Há alguma manifestação que a gente consiga fazer nestes casos, como se não reconhecêssemos a prestação de serviço de transporte por nossa empresa, para ficarmos "resguardados"? 

Grato pela atenção e disponibilidade.

Att
Leandro Henrique Parta.

Bom dia Leandro,

Trabalho com transportadora em SP e já fomos notificados para apresentar à SEFAZ/SP os CTE's de algumas dezenas de notas fiscais onde estava nosso CNPJ no campo "Transportador", sendo que não efetuamos o transporte e que foi feito por outra transportadora.

No caso, tem que exigir que o emitente da NFe emita carta de correção eletrônica para corrigir os dados do transportador e que as notas fiscais futuras, sejam emitidas para o transportador correto.

Esses dados são cruzados no SPED Fiscal e por isso a SEFAZ consegue identificar que existe um CTe da transportadora (que não foi citada na NFe) e não há a escrituração do CTe (da transportadora citada errada e que nem emitiu CTe atrelada a tal NFe).

Att