Boa tarde!
Quanto a emissão de NFSe varia muito de cidade a cidade, algumas entendem que, por se tratar de um serviço equivalente a publicidade, deve-se ser cobrado o ISS e a NFSe emitida, outras entendem que quando patrocínio não tem ligação com a atividade principal da entidade não constitui fato gerador do ISS e portanto dispensada.
Para maior segurança consulte o entendimento do setor de tributação da prefeitura de sua cidade.
Porém cabe ressaltar que independente de tributação municipal, no âmbito federal é tributável sim.
Você deve considerar como recebimento de receita, similar ao serviço de publicidade, conforme traz a Resolução CGSN nº 140/2018, art. 2º, § 4º, inciso IV:
§ 4º Também compõem a receita bruta de que trata este artigo:
[...]
IV - as verbas de patrocínio.
Esse entendimento também surge na questão 3.13 do "Perguntas e Respostas" do Simples Nacional:
3,13. A verba de patrocínio é tributável no Simples Nacional?
Sim. De acordo com o art. 3º, § 1º, da Lei Complementar nº 123, de 2006, considera-se receita bruta, entre outros valores, a de prestação de serviços. Sendo que, no caso de patrocínio, há uma prestação de serviço de divulgação de marca.
Portanto tribute como Anexo III no PGDAS, o mesmo de publicidade.