Boa tarde, Daniele.
Em resumo, o Registro 60R, é a informação dos itens que fizeram parte da movimentação registrada no ECF, durante o mês. Creio que o arquivo que você está enviando apresentou essa advertência porque, muito provavelmente, você lança os cupons fiscais manualmente no seu sistema de escrita fiscal. Como as reduções Z não trazem os itens que foram vendidos, o seu sistema gera o arquivo apenas com o Registro 60 M(dados do equipamento) e o Registro 60A(valores totalizados por situação tributária), deixando de informar o 60R.
Uma maneira de sanar esse problema, seria gerar o arquivo SINTEGRA pelo software do cliente, que é o que gerencia o ECF(e que traria o REG 60R) e enviar para a Receita, ou importar esse arquivo para o seu sistema de escrita fiscal e, depois de fazer as inclusões necessárias, transmitir para a Receita.
Espero ter ajudado.