Não. O imposto deve ser pago somente uma vez.
Para que possa melhor ajudar, me diga: Qual o código da atividade na Lista de Serviços da Lei Complementar 116/03?
Vejo 2 questões aqui.
1- No caso de retenção, a alíquota de ISS para empresas do simples não deve ser a do serviço na cidade, mas sim a apurada no mês anterior na PGDAS-D da própria empresa.
2- No caso de não haver retenção, a alíquota de ISS vai ser apurada na PGDAS-D e o valor da alíquota na nota vai ser só pra referência.
No caso do item 1, informar no PGDAS a prestação de serviço: "Não sujeitos ao fator “r” e tributados pelo Anexo III, com retenção/substituição tributária de ISS"
No caso do item 2, informar no PGDAS a prestação de serviço: "Não sujeitos ao fator “r” e tributados pelo Anexo III, sem retenção/substituição tributária de ISS, com ISS devido a outro(s) Município(s)" e informar o município depois.
Obs.: Lembrando que para o serviço ser devido no local do tomador ou da prestação, é necessário ou que o estabelecimento tenha unidade econômica (estabelecimento, escritório, etc.) no local de prestação, ou que o serviço esteja no rol de um dos 25 incisos do Art. 3° da LC 116/03 que modificam onde é devido o imposto ISS. Do contrário, o imposto de ISS é devido no local de domicílio do prestador (Regra Geral).