Isenção de ICMS

Boa tarde, Tudo bem?

Eu trabalho em uma empresa de transporte e tenho uma duvida a respeito de ICMS.

Fazemos transporte de material para uma empresa que e isenta de ICMS, nas NFs que eles nos enviam vem descrito esse informação eles utilizam o CST 041.

O processo que emitimos para eles é o CT-E, queria saber se ao serem insetos de ICMS, quando emitimos o processo devemos utilizar o CST  041?
Ou seja quero saber se nós também somos insetos de pagar o ICMS?

Debora boa tarde,

não vejo relação entre a mercadoria transportada e a empresa transportadora.

Se por algum dispositivo legal a mercadoria transportada está isenta do ICMS, esta isenção não é extendida para quem o transporta. 

em resumo, salvo outra hipotese de isenção de ICMS em transportes, no meu ver o simples fato da mercadoria ser Isenta não torna a transportadora também Isenta de ICMS 

Bom, primeiramente entendo que a CST 041 que a empresa usa, não é de isenção e sim de imunidade (não tributação), que acontece em pouquíssimos casos, como a venda de livros, jornais, etc e os demais descritos na legislação. 
O fato da empresa te enviar a nota como não tributada, diz respeito a operação que a mesma está prestando. 
No caso da empresa que você trabalha, vocês irão prestar outro tipo de operação, que é a de transporte.
Entendo como o colega acima, sua operação é distinta da do seu cliente. 
Segundo o art. 2° da LC 87/96 o imposto incide sobre:
II - prestações de serviços de transporte interestadual e intermunicipal, por qualquer via, de pessoas, bens, mercadorias ou valores;
Vale a pena também consultar a legislação estadual para ver se há algum tipo de benefício fiscal sobre redução ou isenção de ICMS na operação prestada.