Caro Marcelo, aqui no estado de SP, o artigo que trata da isenção para insumos, traz em seu § 3, a previsão do aproveitamento de credito.
Veja no Regulamento de S. Catarina, se lá traz alguma orientação.
ANEXO I - ISENÇÕES
(isenções a que se refere o artigo 8º deste regulamento)
Artigo 41 (INSUMOS AGROPECUÁRIOS) - Operações internas realizadas com os insumos agropecuários a seguir indicados (Convênio ICMS-100/97, cláusulas primeira, com alteração dos Convênios ICMS-97/99 e ICMS-8/00, segunda, terceira, quinta e sétima, e Convênio ICMS-5/99, cláusula primeira, IV, 29):
§ 3º - Não se exigirá o estorno do crédito do imposto relativo às mercadorias beneficiadas com esta isenção.