Sintegra x Ct-e de eCommerce

Boa tarde.

Um eCommerce que  emite NF-e de vendas com opções do frete ser pago por ele/remetente, pelo comprador/destinatário e até por terceiros recebe os Ct-e emitidos. 

São milhares de Ct-e. Não conseguimos concilia-los para saber quem é o pagador.

Há transportadoras estabelecidas dentro do mesmo estado do tomador e, de outros estados também.

Devemos escriturar todos eles e inserir no Sintegra?
Qual é o tipo do registro que devemos selecionar para o Sintegra?

Aguardo.
Obrigada.