Se a empresa for do Simples, há sim cobrança da diferença de ICMS nas mercadorias, mesmo que se destinem a Revenda ou Industrialização.
O caso em que é somente devido em Uso e Consumo ou Imobilizado é quando se trata de empresa do Regime Geral (RPA), porque essa diferença já vai ser recuperada na venda pelo princípio da não-cumulatividade do ICMS. Isso não ocorre no regime do Simples, porque as alíquotas são fixadas mensalmente e cumulativas diretamente nas vendas, não tendo relação direta com as compras. Por isso existe esse diferencial de alíquota devido nas aquisições de empresas sujeitas ao Simples.
Segue legislação.
RICMS-SP:
Artigo 2º - Ocorre o fato gerador do imposto :
(...)
XVI - na entrada em estabelecimento de contribuinte sujeito às normas do Regime Especial Unificado de Arrecadação de Tributos e Contribuições devidos pelas Microempresas e Empresas de Pequeno Porte - “Simples Nacional”, de mercadorias, oriundas de outro Estado ou do Distrito Federal.
(...)
§ 6° - Na hipótese do inciso XVI, o valor do imposto devido será calculado mediante a multiplicação do percentual correspondente à diferença entre a alíquota interna e a interestadual pela base de cálculo, quando a alíquota interestadual for inferior à interna.