Bom dia!
Para a empresa com o CNAE 5250-8/03 (Agenciamento de cargas, exceto para transporte marítimo), o documento fiscal a ser emitido depende do tipo de serviço prestado:
Agenciamento de carga: Se a empresa apenas intermedeia entre transportadores e embarcadores, sem realizar o transporte diretamente, deve emitir a Nota Fiscal de Serviços (NFS-e) pela prefeitura, já que essa atividade é sujeita ao ISS.
Transporte de mercadorias: Caso a empresa esteja diretamente envolvida no transporte de cargas, deverá emitir o CT-e modelo 57 (Conhecimento de Transporte Eletrônico), que é o documento fiscal específico para transporte, sujeito ao ICMS.
Se puder, dá uma força se inscrevendo no nosso canal do YouTube, onde trazemos mais dicas sobre contabilidade e legislação trabalhista: Canal Fatuscont. Agradeço!