Bom dia amigo, o processo ao meu ver está totalmente incorreto.
vou colocar por pontos:
1) Este produto que faltou na nota, foi devolvido fisicamente ao fornecedor? se sim, siga observação 2, e não siga observação 3.
2) Sendo devolvido o produto fisicamente ao seu fornecedor, mesmo sem constar na sua nota de devolução, ele fez uma nota fiscal de devolução própria, com a CFOP 2.201 , ou seja, ele corrigiu o problema fiscal e de estoque dele, assunto encerrado, de maneira correta para o problema.
3) Se não foi devolvido fisicamente o material, o seu fornecedor não pode fazer uma nota fiscal de devolução própria apenas para se creditar dos impostos que debitou na venda, ele está fazendo errado, pois a mercadoria precisa fisicamente voltar pra ele, ou ele faz a devolução e lança posteriormente uma nota de desperdício de produção ou algo do tipo, porém mesmo assim não está correto...
Resumindo, se ele emitiu esta nota de devolução própria, você NÃO deve lançar a NOTA DE DEVOLUÇÃO PRÓPRIA DELE, em seu sistema, o saldo para ele já foi baixado, e para dar baixa no seu estoque, sugiro executar uma simples remessa para ele, como 6.949.