Omar, no meu entender, as empresas teriam que ter algum tipo de vinculo, para isso acontecer. Nada impede de você já emitir a nota fiscal do destinatario da mercadoria pronta e ao termino da produção, se a empresa que produz fazer isso pra voce, ja entregar a mercadoria.
Esse procedimento ocorre muito com empresas do ramo de marmore. Quando a empresa não faz o serviço de polimento da pedra, ou seja, quando outra empresa executa esse serviço, procedem de forma parecida.
Deixa eu te exemplificar melhor:
A pedra do Mármore sai ela Bruta do Espírito Santo, por exemplo. Vamos supor que a empresa que adquiriu a pedra do Espírito Santo, não faça o serviço de polímento da pedra que é essencial para a revenda do marmore no varejo. Legal, acontece que a empresa que adquiriu a pedra já destina a tal mercadoria para outra empresa que da entrada da mesma e faz o polimento, para depois sim ser entregue para o Varejista (comprador/destinatario final).
Em suma, esse vinculo é todo ele descrito em nota fiscal, ou seja, A pedra bruta vai para o destinatario X que ja a encaminha para o Y. No corpo da nota fiscal do Y, bem abaixo do material, vai constar que a empresa executou o serviço de polimento em nome da empresa X, ou seja, vao existir ai no mínimo 02 notas se compararmos ao seu caso: 01 com destino a empresa que vai receber o produto acabado, porém a mercadoria vai para a empresa que ainda vai industrializar para você; a outra nota fiscal sai da empresa que industrializou pra voce, conforme a explicação citada, porém a nota fiscal vai para o seu cliente também. Ele irá receber as 02 notas fiscais e terá que contabilizá-las.
O ideal seria você procurar um comercio Varejista de Mármore, ter uma boa relação com o empresário e ver na prática como funciona esse processo.
Espero que tenha entendido um pouquinho como funciona.
Um abraço.