Bom dia Ricardo!
Em meu entendimento não é devido o diferencial de alíquota nesta situação, pois, primeiramente a Instituição Religiosa não é contribuinte do ICMS, portanto o remetente da mercadoria deve vende-la com a alíquota interna de sua unidade da federação. Ainda com relação ao diferencial de alíquotas, o RICMS/00 prevê o seguinte:
Artigo 2º - Ocorre o fato gerador do imposto (Lei 6.374/89, art. 2º, na redação da Lei 10.619/00 , art. 1º, II, e Lei Complementar federal 87/96, art. 12, XII, na redação da Lei Complementar 102/00, art. 1º):
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VI - na entrada, em estabelecimento de contribuinte, de mercadoria oriunda de outro Estado destinada a uso ou consumo ou ao ativo permanente;
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§ 5º - Nas hipóteses dos incisos VI e XIV, a obrigação do contribuinte consistirá, afinal, em pagar o imposto correspondente à diferença entre a alíquota interna e a interestadual.
Note que no inciso VI temos que enfatizar o seguinte termo: "em estabelecimento de contribuinte" , não se aplicando portanto a hipótese de recolhimento da diferença entre as alíquotas para não contribuintes, como é caso das instituições religiosas.
Att,
Ericke