Bruno,
A emissão conjunta de CF e NF ou NFe deverá ser realizada no ato da compra, por solicitação do cliente.
O Livro VIII, Seção III diz:
Da Emissão de Nota Fiscal Conjugada com Cupom Fiscal
Art. 92. O contribuinte, sem prejuízo da emissão do Cupom Fiscal:
I - emitirá Nota Fiscal, modelo 1 ou 1-A, por exigência de legislação federal;
II - poderá emitir a Nota Fiscal de Venda a Consumidor, modelo 2, ou a Nota Fiscal, modelo 1 ou 1-A, por solicitação do adquirente.
§ 1.º Nas hipóteses previstas neste artigo, o contribuinte deverá:
1. anotar, nas vias do documento fiscal emitido, os números do Contador de Ordem de Operação do Cupom Fiscal e do ECF, este atribuído pelo estabelecimento;
2. indicar na coluna "Observações", do livro Registro de Saídas, apenas o número e a série do documento;
3. anexar o Cupom Fiscal à via fixa do documento emitido.
{redação do Parágrafo único, do Artigo 92, renumerada para § 1.º, pelo Decreto Estadual n.º 28.674/2001, vigente a partir de 29.06.2001}.
§ 2.º A escrituração do livro Registro de Saídas far-se-á mediante a forma determinada nos artigos 90 e 91.
Embora o SEFAZ/RJ ainda não tenha alterado a legislação (até onde sei) incluíndo o procedimental sobre a NFe, contínuamos a reter o CF e entregando ao cliente a NF ou Nfe.
O cliente por sua conta, sabendo que a duração da impressão térmica é limitada, deverá no momento da compra já solicitar a NF/NFe ou então fazer uma cópia do cupom emitido.
Não tem como agora você emitir uma NF/NFe com dados da compra de meses atrás.
Espero ter ajudado.
Abs