Olá Tiago,
Mesmo que o frete venha destacado na nota fiscal, o CFOP da natureza da operação permanece o da venda da mercadoria e o valor do frete é somado juntamente com os demais ítens (se houver): Valor do seguro, Desconto (subtraído), Outras despesas acessórias e Valor do IPI, totalizando assim o Valor total da nota.
Com isso estes valores adicionais são somados aos produtos e se tornam custo desta aquisição de mercadorias, sendo assim escriturada a nota fiscal pelo valor total da nota ou valor contábil.
Ainda não encontrei nada previsto com relação à escrituração separadamente, pois o frete se torna parte do custo da mercadoria.
A vida não é medida pela quantidade de vezes que respiramos, mas pelos momentos que nos tiram a respiração...
" VIVA INTENSAMENTE CADA MINUTO "