Substituição tributária X frete

Boa tarde caros amigos.

Tenho a seguinte dúvida:

Quando uma empresa faz compra de outro estado, sendo ele não signatário do protocolo de alguns produtos, nós devemos fazer o calculo da substituição tributária analisando cada produto.
Supondo que uma nota fiscal tenham três produtos com MVA diferentes, eu terei que calcular separadamente.
A minha dúvida é se nessa nota venha o valor do frete incluso.
Eu terei que adicionar o valor inteiro em cada calculo ou posso ratear esse valor?

Obrigado

Se o frete acobertar toda a operação dos produtos ST deverá ser incorporado o valor do frete, abatendo seu ICMS também para calculo do imposto.